Pengadilan Negeri Klas IA Jayapura telah ada sejak pembentukan Provinsi Irian Barat yang saat ini bernama Papua,  yang dahulu ibu kotanya disebut kota baru /Prot Numbay, dan kini dengan nama Jayapura. Pembentukan Provinsi Irian Barat sesuai dengan perjanjian New York tanggal 15 Agustus 1962 tentang persetujuan Pemerintah Belanda dan pemerintah Indonesia mengenai Irian Barat, dengan membentuk suatu badan pelaksana sementara yaitu UNTEA.

     Sesuai dengan perkembangan dan pemekaran diwilayah Jayapura, saat ini telah dimekarkan sehingga menjadi 1 (satu) kota jayapura dan 4 (empat) kabupaten, yaitu Kabupaten Jayapura, Kabupaten Keerom, Kabupaten Sarmi, Kabupaten Mambramo Raya.

Satu kota yaitu Kota Jayapura  dan empat kabupaten  adalah:

1. Kabupaten Jayapura,

2. Kabupaten Keroom,

3. Kabupaten Sarmi dan

4. Kabupaten Mamberamo Raya,

inilah yang  merupakan wilayah hukum Pengadilan Negeri Klas IA Jayapura, disamping gedung Pengadilan Negeri Pengadilan Negeri Klas IA Jayapura yang digunakan sebagai aktivitas sehari-hari yang beralamat di Jalan Raya Abepura Kotaraja, terdapat pula gedung tempat siding (Zitting Plaats) masing – masing di 

1. Arso ( Kabupaten Keroom)

2. Genyem (  Genyem,)

3. Sarmi ( Kabupaten Sarmi).